Selain melalui laut, kepulauan Karimunjawa juga bisa ditempuh melalui jalur udara. Bandara Dewadaru terletak di Pulau Kemujan, sekitar 20km dari pusat kota Karimunjawa.
Pesawat yang digunakan adalah jenis perintis dari maskapai penerbangan Airfast Indonesia dengan kapasitas penumpang sebanyak 12 orang dan frekuensi penerbangan dua kali dalam seminggu.
Berikut adalah jadwal penerbangan terbaru dengan rute Karimunjawa :
| Hari | Dari | Ke | ETD | ETA |
| Senin | ||||
| Selasa | Surabaya | Karimunjawa | 12:55 | 14:05 |
| Karimunjawa | Semarang | 14:50 | 15:30 | |
| Rabu | Semarang | Karimunjawa | 07:30 | 08:10 |
| Karimunjawa | Surabaya | 08:55 | 10:05 | |
| Kamis | Surabaya | Karimunjawa | 12:55 | 14:05 |
| Karimunjawa | Semarang | 14:50 | 15:30 | |
| Jumat | Semarang | Karimunjawa | 07:30 | 08:10 |
| Karimunjawa | Surabaya | 08:55 | 10:05 | |
| Sabtu | ||||
Reservasi pemesanan tiket:
Surabaya : 0812-3777-9610
Semarang : 0812-3777-9613
Karimunjawa : 0812-3777-9614